Alterar o porta-malas é possível, mas além do custo que não faço idéia, podem ficar problemas de infiltração (chuva), corrosão (qualidade do serviço) e legalização junto ao Detran.
Construir um bagageiro (teto) é mais simples e barato. Algo que já ví para facilitar a carga e descarga foi a fixação de escada na lateral do carro. Tem que avaliar o peso da sua caixa e a impermeabilização.
Outra opção seria a S10 cabine dupla. Pexinchando, acredito que consiga bom negócio por R$ 20.000,00; sem ter que gastar com adaptações. Mesmo que as caixas não caibam, fica mais simples de extender a caçamba e proteger com capota:
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