Eu acedito que, para mochilar no Jalapão você vai precisar de muito tempo, pois e tudo distante e quente demais para fazer andando, pois lembre-se, lá é zona de transição entre caatinga e cerrado, e, se existir transporte coletivo na região, é daqueles ônibus que passam uma vez por semana na cidade, você ficaria dependente de caronas...
Mas, deve ser uma experiência fantástica, andar pela região, tranquiiilo e sem pressa para chegar aos lugares.
Outra alternativa, se você tiver uma grana, e ir até Palmas e alugar um veículo 4x4, se for nos meses de seca, uma caminhonete vai muito bem, claro que sem sair das vias principais.