Já faz uns dias que você perguntou, mas resolvi responder agora pois estou considerando ir até lá (sem plano detalhado ainda) agora no mês de novembro.
Pelo que lí não tem época certa para ir ao Jalapão, pode ser em qualquer época do ano:
:: KORUBO EXPEDICOES - SAFARI NO JALAPAO ::
http://viagem.uol.com.br/guia/brasil...o-ir/index.htm
Apesar deste site abaixo dizer que já não é mais período de estiagem.
Jalapão - Quando ir | Férias Brasil
Abraços