Niva faz barulho mesmo, isso mais ou menos não tem jeito, como em muitos 4x4. Como o acabamento interno dele é pavoroso, se não mandar em um capoteiro (tapeceiro) que trabalhe bem (ou vc mesmo fazer o trabalho bem feito) vais ouvir aquela barulheira mesmo. Tanto faz se for os pré 95 ou não.
Quanto ao motor, isso é mais complexo. Eu particularmente acho os motores AP (VW) uma boa para o Niva. Mais econômicos e de reposição mais fácil, ajudam a reduzir o barulho do veículo. Quanto a comprar já com o motor AP, isso depende. Você pode comprar um com o motor original, usá-lo até ele aprontar a primeira... aí colocar um AP. Colocar é mole... pra quem sabe. Alguns lugares fazem bem a adaptação (olhe bem isso, tem muito lugar que é dor de cabeça). O chato é ajustar a coisa. Comprar pronto evita algumas dores de cabeça.
Não acho que o Niva seja a melhor escolha para fazer viagens, principalmente se forem longas. Talvez não seja o melhor custo x benefício.