Também sou fã dessas pajeros de segunda geração (1992 até 2000).
Bom vamos lá... Pelo que andei estudando e entendi, as GLX possuem acabamento ligeiramente mais simples, câmbio manual, banco traseiro inteiriço, paralamas sem moldura/alargador e a principal diferença, as GLX NÃO possuem o sistema de tração Super Select. Ou seja, não possuem diferencial central. As posições da alavanca selecionadora da tração são 2H, 4H, N e 4L. Nesse sistema não se pode acionar o 4x4 em superfícies de alta aderência, pois força a tração e gera desgaste prematuro e também é necessário parar o carro para acionar a tração.
Por outro lado, as GLS, além de acabamento ligeiramente melhor, opção de câmbio automático, banco traseiro bipartido, paralamas com alargadores, possuem o sistema de tração Super Select, o qual possui um diferencial central, que permite o acionamento do 4x4 (somente no caso do 4H sem bloqueio do diferencial central) em superfícies de alta e média aderência, sem comprometer a durabilidade do conjunto. Além disso, a tração super select permite a mudança de 2H pra 4H e 4HLc sem parar o carro.
As posições da alavanca selecionadora da tração são 2H, 4H, 4HLc (4x4 com diferencial central bloqueado), N e 4LLc (4x4 reduzida com bloqueio de diferencial central).
Com relação a todo resto, motor e etc, as 2 são iguais.
Dentre a GLX e a GLS, eu optaria pela GLS por conta do sistema de tração mais sofisticado e que se destaca no offroad, mas acho que não descartaria um excelente exemplar da GLX por um bom preço.
Espero que tenha ajudado e desejo boa sorte na busca pela próxima viatura.
Abraços.